Papa Francis’in “20. yüzyılın ilk soykırımı Ermenilere yapıldı” sözleri Ankara’da tepkiye neden oldu. Vatikan’ın Ankara Büyükelçisi Dışişleri Bakanlığı’na çağrılarak, “Hayal kırıklığı ve üzüntü duyduk. Güven kaybına yol açtı” mesajı verildi. Ardından Türkiye, Vatikan Büyükelçisi Mehmet Paçacı’yi istişarelerde bulunmak için geri çağırdı.
Başbakan Ahmet Davutoğlu, “Papa’ya ve bulunduğu makama yakışmadı” dedi.
Dışişleri Bakanı Mevlüt Çavuşoğlu, resmi ziyaret için bulunduğu Moğolistan’da, konuyla ilgili soruya yanıt vererek Papa tarafından kullanılan ifadenin hukuki geçerlilik taşımadığını savundu.
“Papa dünkü açıklamasında çekilen acılar arasında maalesef ayrımcılık yaptı. Türklerin ve Müslümanların çektiği acıları, zulümleri ve ölümleri adeta görmezden geldi” diyen Çavuşoğlu, Ermeni olaylarının tarihsel çerçevesinden çıkartıldığına dikkati çekti.
Papa Francis, “Son yüzyılda insanlık ailemiz 3 büyük ve eşi görülmemiş trajedi yaşamıştır. Bunların ilki, ‘genel olarak 20’nci yüzyılın ilk soykırımı olarak görülen’ ve ilk Hıristiyan toplum olan siz Ermeni halkının yanı sıra, Katolik ve Ortodoks Suriyelilere, Asurilere, Keldanilere ve Yunanlara çarpandır. Piskoposlar, rahipler, dindarlar, kadınlar, erkekler, yaşlılar ve hatta savunmasız çocuklar ve hastalar bile öldürülmüştür” demişti.
Ayin sonrasında Papa, Ermeni toplumuna iletmek üzere Ermeni liderlere sunduğu yazılı bir mesajda ise, Tanrı’dan, Türk ve Ermeni toplumlarının uzlaşmaya varmasını ve Dağlık Karabağ konusunda barışın sağlanmasını dilediğini belirtti.
Vatikan Basın Sözcüsü Yardımcısı Rahip Ciro Benedettini, Türk gazetecilere yaptığı açıklamada, “Papa’nın bu ifadeyi kullanacağı, bizim açımızdan önceden belliydi. Papa Francis, 
Papa 2’nci Jean Paul’e atıfta bulundu. Konuşma metni önceden hazırlandı” dedi.