Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Dink’in 19 Ocak 2007’de öldürülmesinden yaklaşık 7,5 yıl sonra üst düzey bazı emniyet görevlileri de soruşturmaya dahil edildi. Soruşturma kapsamında, Ramazan Akyürek ve Dönemin İstihbarat Daire Başkanı Ali Fuat Yılmazer ”tasarlayarak öldürmeye yardım etmek” suçundan tutuklandı.
Dink ailesinin avukatı Fethiye Çetin, İstanbul merkezli 17-25 Aralık operasyonunun ardından yaşanan tartışmaları hatırlatarak, dosyanın yeniden ele alınmasını istedi. Özel yetkili mahkemelerin kaldırılmasının ardından Dink cinayeti dava dosyası İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi’ne gönderildi. İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi, 30 Ekim 2014’te Yargıtay’ın bozma kararına uyulmasına hükmetti. Mahkeme, İstanbul 2. Çocuk Ağır Ceza Mahkemesi’nde Ogün Samast’ın “terör örgütü üyeliği” suçundan yargılandığı dava dosyası ile bunu birleştirdi.
Olaya ilişkin gözaltına alınan Ogün Samast ile Yasin Hayal, Zeynel Abidin Yavuz, Ersin Yolcu ve Ahmet İskender, 24 Ocak 2007’de tutuklandı. Soruşturma kapsamında, farklı tarihlerde Erhan Tuncel, Salih Hacısalihoğlu, Tuncay Uzundal, Veysel Toprak, Osman Alpay, İrfan Özkan ve Mustafa Öztürk de tutuklandı.
28 Mayıs’ta cinayetin işlendiği dönemde eski İstihbarat Daire Başkanlığı C Şube Müdürü olan ve Paralel Devlet Yapılanması’nın emniyet uzantısına ilişkin soruşturmada tutuklu bulunan Ali Fuat Yılmazer yeniden ifadesinin alınması için savcılığa getirildi. Soruşturma kapsamında ilk ifadesi 4 Aralık 2014’te alınan Yılmazer, bu kez ifade vermesinin ardından ”suç işlemek amacıyla örgüt kurmak” ve ”tasarlayarak öldürmeye yardım etme” suçlarından tutuklandı.
Böylece, Dink cinayeti soruşturması kapsamında, toplam 5 kişi tutuklanmış oldu. Dava, İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi’de devam ediyor.